小鲤2008年被《世界自然保护联盟红色名录》（IUCN）列为极危（CR），在《中国物种红色名录》中列为濒危（EN），在《中国濒危动物红皮书 鱼类》中也列为濒危。

目前产地已建立《滇池管理条例》，每年封湖禁渔5个鱼，并划定7个常年封湖禁渔保护区，使其有索饵繁殖的场所。